De Euromex HD-Lite Camera met Linux/Ubuntu (Foto, film, live view en stacking)
type camera: HD-Lite van Euromex VC.3031
update: 3 okt 2018: quircks mode onder Ubuntu 18.04 LTS
stacked-6-8356b.png
De nieuwe HD-Lite camera van Euromex heeft een USB en HDMI aansluiting. Met de USB kabel kan je de camera op een PC aansluiten.
obj_0195.jpg
Euromex heeft een Windows programma om verschillende functies te gebruiken, maar omdat ik een grote voorkeur voor Linux heb, beschrijf ik hier een groot aantal mogelijkheden van het gebruik van de camera onder Linux/Ubuntu.
Hoge resolutie
De HDMI aansluiting kan helaas maar tot full-HD beelden weergeven. Met de USB aansluiting kan je live-beelden tonen op de PC op veel hogere resoluties. Zelf heb ik een 4k scherm, dus is dat heel relevant.
Alleen open-source software
In deze beschrijving van het gebruik onder Linux/Ubuntu gebruik ik enkel open-source software, geen binaries van derden.
Voor sommige opties is het nodig standaard paketten uit repositories te installeren.
Eerste beeld
Na het aansluiten van de camera met USB (let op: speciale kabel!), wordt de camera direct herkend, geen installatie is nodig.
Gebruik bijvoorbeeld mediaspeler vlc. Start VLC:
- kies menuoptie 'media'
- kies 'open capture device'
- selecteer in 'video device name' de juiste naam, meestal '/dev/video0'
- selecteer play, je hebt nu live beeld
Je kan ook als optie 'advance options' uitklappen, dan kan je andere resoluties instellen, bijvoorbeeld om meer snelheid te halen. Ook kan het nuttig zijn om caching op 0 te zetten om een snellere respons te geven. Experimenteer voor je eigen voorkeur.
Commandline
Bovenstaande optie met vlc is leuk, maar vanaf de command line is veel meer mogelijk.
Overzicht opties resolutie en compressie
Met het volgende commande kan je tonen op welke resoluties de camera gebruikt kan worden:
$ v4l2-ctl --list-formats-ext
geert@gtb:~/fotos/0-microscoop$ v4l2-ctl --list-formats-ext
ioctl: VIDIOC_ENUM_FMT
Index : 0
Type : Video Capture
Pixel Format: 'YUYV'
Name : YUYV 4:2:2
Size: Discrete 2592x1944
Interval: Discrete 0.250s (4.000 fps)
Size: Discrete 2048x1536
Interval: Discrete 0.125s (8.000 fps)
Size: Discrete 2304x1728
Interval: Discrete 0.250s (4.000 fps)
Size: Discrete 1600x1200
Interval: Discrete 0.167s (6.000 fps)
Size: Discrete 1280x960
Interval: Discrete 0.083s (12.000 fps)
Size: Discrete 1024x768
Interval: Discrete 0.050s (20.000 fps)
Index : 1
Type : Video Capture
Pixel Format: 'MJPG' (compressed)
Name : Motion-JPEG
Size: Discrete 2592x1944
Interval: Discrete 0.067s (15.011 fps)
Size: Discrete 2048x1536
Interval: Discrete 0.067s (15.011 fps)
Size: Discrete 1600x1200
Interval: Discrete 0.167s (6.000 fps)
Size: Discrete 1280x960
Interval: Discrete 0.083s (12.000 fps)
Size: Discrete 1024x768
Interval: Discrete 0.050s (20.000 fps)
Bij sommige distro's eerst de utils installeren met:
$ sudo apt install v4l-utils
Video met mplayer
Met mplayer kan je vanaf de commandline direct video tonen:
$ mplayer tv:// -tv driver=v4l2:device=/dev/video0:width=2048:height=1536
-vf screenshot -fps 8
de toevoeging -vf screenshot maakt dat je met de toets 's' een screenshot kan maken, van de raw data. Dat is beter dan resampled van het scherm met printscreen.
De toets f: fullscreen.
Screenshots en focus stacking
Het nut van screenshots is meer dan het opslaan van beelden, je kan met een aantal foto's met verschillende focus meteen geautomatiseerd een image-stack maken.
Jargon: Extend DoF/Extend the Depth of Focus
Na het nemen van een aantal screenshots staan er in de huidige directory een aantal png bestanden: afbeeldingen.
OUT0054.png
Eerst uitlijnen.
align_image_stack is a command-line tool to align overlapping images to facilitate HDR creation, Exposure blending, extended Depth of Field, and Stereoscopic images.
$ align_image_stack -v -m -a OUT *.png
Stacken van meerdere afbeeldingen
Dan het stacken zelf:
$ enfuse -o stacked.png --exposure-weight=0 --saturation-weight=0
--contrast-weight=1 --hard-mask *.tif
Het resultaat:
focus stack van het oog van een kever
De
kever met macrolens zonder stacking:
de kever van 4mm
Video opslaan
Om video op te slaan:
$ mencoder tv:// -tv driver=v4l2:device=/dev/video0:width=2048:height=1536
-nosound -ovc lavc -o test.avi
Het bestand zoals hierboven opgeslagen:
microscope-demo-bloed.avi.
Conclusie
De Euromex Euromex HD-Lite Camera (VC.3031) is uiterst geschikt om met Linux te gebruiken omdat je veel keuze aan tools hebt maar vooral om de workflow te automatiseren.
Zonder installatie van drivers is de camera meteen te gebruiken. Voor sommige tools zoals mplayer of focus-stacking is de installatie van enkele open-source tools nodig.
De resolutie en snelheid is instelbaar. De workflow is zo veel sneller dan het gebruik van de geheugenkaart in de camera zelf. Je kan in een uur vele stacks en/of films maken.
Wat ik nog niet getest heb is het doen van metingen.
Quircks
Na update naar Ubuntu 18.04 LTS werkte camera niet meer.
zie fouten...
# tail -f /var/log/syslog
oplossing: herlaad module met optie:
# rmmod uvcvideo && modprobe uvcvideo quirks=4
Experimenteer met de juiste setting. Quirks mode soms nodig omdat je camera niet volgens de standaard werkt. De toevoeging kan de kernelmodule dwingen andere keuzes te maken. Experimenteer met de juiste mode door het getal te wijzigen in 1, 2, 4, 8 enz.
bronnen:
stackoverflow.com en
http://www.ideasonboard.org/uvc/faq/
Overige info
Losse informatie.
Monteren op microscoop
De camera kan met een tubus op de microscoop gemonteerd worden. Er zitten verloop-ringen bij. Dan kan hij of op de plaats van een oculair of, het mooiste, op de trioculaire montage mogelijkheid.
Voor het monteren op mijn trioculaire Euromex/Novex B-series is een tubus nodig: 23.2 mm tubus DC.1324 (€ 66,12).
Gebruik microscoop
Wij gebruiken de microscoop voor het onderzoek naar houtrot veroorzakende zwammen in bomen ivm
boomveiligheid.
sporen van de oesterzwam 1000x olie emersie PL
sporen van de oesterzwam 1000x olie emersie PL
En hier komen de sporen vandaan. Een etmaal de hoed van de zwam op een wit vel laten liggen...
sporee van oesterzwam
De oesterzwam is een parasiet - hij leeft van levende bomen. Het vruchtlichaam (de paddestoel) is echter op zijn beurt ook bewoond door een parasiet, waarvan de larve staat op onderstaande foto.
larven
Omdat het geheel in een afgesloten ruimte zat konden de larven welke inmiddels vlieg waren geworden niet weg, ze stierven naast het papier:
obj_0185.jpg
En de vlieg onder de miscroscoop met focus-stacking (52 fotos):
stacked
een van de foto's
Geert Starre
Voor vragen of opmerkingen,
neem contact op.
